Die Orgel mit 4.000 Pfeifen, die in der Empore der St.-Nikolaus-Kirche hängt, wurde 1746 installiert. Ihr Gehäuse wurde von Tomáš Schweigl geschnitzt, um sich den Kurven der Kuppel von Kilián Ignaz Dientzenhofer anzupassen. Das Instrument überstand zwei Jahrhunderte habsburgischer Herrschaft, die Nazi-Besatzung und die Vernachlässigung in der kommunistischen Ära, bevor eine Restaurierung im Jahr 2002 seine barocke Stimme wieder funktionsfähig machte. Heute finden in der Kirche Orgelkonzerte der St.-Nikolaus-Kirche in Prag statt, die das 80 Meter lange Kirchenschiff mit Werken von Vivaldi, Bach und Mozart füllen – die Akustik wurde durch die Gewölbegeometrie von Anselmo Lurago so konzipiert, dass der Klang ohne elektronische Verstärkung getragen wird. Dientzenhofers Meisterwerk der Prager Kleinseite – vollendet 1755 nach seinem Tod – repräsentiert den Höhepunkt mitteleuropäischer Barockarchitektur. Der Freskenzyklus, der 1.500 Quadratmeter der Decke bedeckt, wurde von Johann Lukas Kracker gemalt und zeigt das Leben des heiligen Nikolaus in Trompe-l’œil-Paneelen, die die Grenze zwischen Architektur und Himmel auflösen. Die Laterne der Kuppel erhebt sich 79 Meter über den Marmorboden, ihre grüne Kupferhaube ist über den Terrakotta-Dächern der Malá Strana sichtbar. Franz Kafka besuchte hier als Kind die Messe; Mozart spielte die Orgel während seines Prager Besuchs 1787, zwei Jahre bevor er den Don Giovanni in einer Villa drei Straßen weiter komponierte. Die Kirche fungiert sowohl als aktive Gemeinde als auch als Konzerthalle, eine duale Identität, die den Besucherrhythmus bestimmt. Morgenlicht fällt durch Jan Hesses Buntglasfenster und beleuchtet Karel Škrétas Altarbilder sowie die rosafarbenen Marmorsäulen, die das Querschiff stützen. Die abendlichen Orgelkonzerte in der St.-Nikolaus-Kirche in Prag ziehen ein Publikum an, das in Kirchenbänken aus böhmischer Eiche sitzt – demselben Holz, das die Beichtstühle in den Seitenkapellen einrahmt. Das Pedalwerk der Orgel – 16-Fuß-Hauptpfeifen, die während Bach-Fugen den Boden zum Beben bringen – wurde für genau dieses kubische Volumen entworfen, getreu der barocken Überzeugung, dass heiliger Raum und musikalische Proportion untrennbare Disziplinen sind.