L'organo a 4.000 canne sospeso nella galleria della Chiesa di San Nicola è stato installato nel 1746, con la cassa intagliata da Tomáš Schweigl per adattarsi alle curve della cupola di Kilián Ignaz Dientzenhofer. Lo strumento è sopravvissuto a due secoli di dominio asburgico, occupazione nazista e incuria dell'era comunista prima che un restauro nel 2002 restituisse la sua voce barocca in condizioni di lavoro. Oggi la chiesa ospita concerti d'organo nella Chiesa di San Nicola a Praga che riempiono la navata di 80 metri con Vivaldi, Bach e Mozart, con un'acustica progettata dalla geometria della volta di Anselmo Lurago per trasportare il suono senza amplificazione elettronica. Il capolavoro di Dientzenhofer a Malá Strana, completato nel 1755 dopo la sua morte, rappresenta l'apice dell'architettura barocca dell'Europa centrale. Il ciclo di affreschi che copre 1.500 metri quadrati di soffitto è stato dipinto da Johann Lukas Kracker, raffigurando la vita di San Nicola in pannelli trompe-l'œil che dissolvono il confine tra architettura e cielo. La lanterna della cupola si erge a 79 metri sopra il pavimento in marmo, la sua copertura in rame verde visibile attraverso i tetti in terracotta di Malá Strana. Franz Kafka frequentava la messa qui da bambino; Mozart suonò l'organo durante la sua visita a Praga nel 1787, due anni prima di comporre il Don Giovanni in una villa a tre strade di distanza. La chiesa funge sia da parrocchia attiva che da sala da concerti, una doppia identità che modella il suo ritmo di visitatori. La luce del mattino filtra attraverso le vetrate di Jan Hesse, illuminando i dipinti dell'altare di Karel Škréta e le colonne di marmo rosa che sostengono il transetto. I tour serali con concerti d'organo nella Chiesa di San Nicola a Praga attirano un pubblico che siede su banchi intagliati in quercia boema, lo stesso legno che incornicia i confessionali che fiancheggiano le cappelle laterali. La sezione del pedale dell'organo—canne principali da 16 piedi che scuotono il pavimento durante le fughe di Bach—è stata progettata per questo esatto volume cubico, secondo la convinzione barocca che lo spazio sacro e la proporzione musicale siano discipline inseparabili.