L'orgue de 4 000 tuyaux suspendu dans la tribune de l'église Saint-Nicolas a été installé en 1746, son buffet sculpté par Tomáš Schweigl pour épouser les courbes du dôme de Kilián Ignaz Dientzenhofer. L'instrument a survécu à deux siècles de règne des Habsbourg, à l'occupation nazie et à la négligence de l'ère communiste avant qu'une restauration en 2002 ne rende sa voix baroque opérationnelle. Aujourd'hui, l'église accueille des concerts d'orgue à l'église Saint-Nicolas de Prague qui emplissent la nef de 80 mètres de Vivaldi, Bach et Mozart, l'acoustique ayant été conçue par la géométrie des voûtes d'Anselmo Lurago pour porter le son sans amplification électronique. Le chef-d'œuvre de Dientzenhofer dans le quartier de Malá Strana — achevé en 1755 après sa mort — représente le sommet de l'architecture baroque d'Europe centrale. Le cycle de fresques couvrant 1 500 mètres carrés de plafond a été peint par Johann Lukas Kracker, illustrant la vie de Saint-Nicolas dans des panneaux en trompe-l'œil qui dissolvent la frontière entre l'architecture et le ciel. La lanterne du dôme s'élève à 79 mètres au-dessus du sol en marbre, son dôme en cuivre vert étant visible au-dessus des toits en terre cuite de Malá Strana. Franz Kafka y a assisté à la messe étant enfant ; Mozart a joué de l'orgue lors de son séjour à Prague en 1787, deux ans avant de composer Don Giovanni dans une villa située à trois rues de là. L'église fonctionne à la fois comme une paroisse active et une salle de concert, une double identité qui façonne son rythme de visite. La lumière du matin filtre à travers les vitraux de Jan Hesse, illuminant les peintures d'autel de Karel Škréta et les colonnes en marbre rose soutenant le transept. Les concerts d'orgue en soirée à l'église Saint-Nicolas de Prague attirent un public qui s'assoit sur des bancs sculptés en chêne de Bohême, le même bois qui encadre les confessionnaux alignant les chapelles latérales. La division de pédalier de l'orgue — des tuyaux principaux de 16 pieds qui font vibrer le sol pendant les fugues de Bach — a été conçue pour ce volume cubique précis, selon la conviction baroque que l'espace sacré et la proportion musicale sont des disciplines indissociables.