O órgão de 4.000 tubos suspenso na galeria da Igreja de São Nicolau foi instalado em 1746, com sua caixa esculpida por Tomáš Schweigl para combinar com as curvas da cúpula de Kilián Ignaz Dientzenhofer acima. O instrumento sobreviveu a dois séculos de domínio Habsburgo, ocupação nazista e negligência da era comunista antes que uma restauração em 2002 devolvesse sua voz barroca às condições de funcionamento. Hoje, a igreja recebe concertos de órgão na Igreja de São Nicolau em Praga que preenchem a nave de 80 metros com Vivaldi, Bach e Mozart, com acústica projetada pela geometria da abóbada de Anselmo Lurago para transportar o som sem amplificação eletrônica. A obra-prima de Dientzenhofer em Malá Strana — concluída em 1755 após sua morte — representa o auge da arquitetura barroca da Europa Central. O ciclo de afrescos que cobre 1.500 metros quadrados de teto foi pintado por Johann Lukas Kracker, retratando a vida de São Nicolau em painéis trompe-l'œil que dissolvem a fronteira entre arquitetura e céu. A lanterna da cúpula ergue-se 79 metros acima do piso de mármore, sua cúpula de cobre verde visível através dos telhados de terracota de Malá Strana. Franz Kafka frequentou a missa aqui quando criança; Mozart tocou o órgão durante sua visita a Praga em 1787, dois anos antes de compor Don Giovanni em uma villa a três ruas de distância. A igreja funciona tanto como paróquia ativa quanto como sala de concertos, uma identidade dupla que molda o ritmo de seus visitantes. A luz da manhã filtra-se através dos vitrais de Jan Hesse, iluminando as pinturas do altar de Karel Škréta e as colunas de mármore rosa que sustentam o transepto. Os concertos de órgão à noite na Igreja de São Nicolau em Praga atraem públicos que se sentam em bancos esculpidos em carvalho da Boêmia, a mesma madeira que emoldura os confessionários que revestem as capelas laterais. A divisão de pedais do órgão — tubos principais de 16 pés que fazem o chão tremer durante as fugas de Bach — foi projetada para este volume cúbico exato, a convicção barroca de que espaço sagrado e proporção musical são disciplinas inseparáveis.